加拿大学术界受中国干扰和影响的问题引起广泛关注。阿尔伯达大学和中国机构有近百个合作项目，加拿大创新科技部长和情报专家都对中国可能凭此窃取研究成果提供警告；另一方面卡尔顿大学(Carleton University) 孔子学院院长李征在国会听证会上，称中国没有涉入孔子学院运作，但他对于达赖喇嘛丶天安门事件和中国人权问题，一概避而不答。
中国的孔子学院被认为是裹着文化糖衣的红色渗透，尽管加拿大有大学和教育局陆续终止与孔子学院的合作关系，但仍有一些孔子学院继续营运，其中包括渥太华卡尔顿大学的孔子学院，该院长李征（Justin Li）出席国会加中关系委员会听证时承认孔子学院资金由中国提供，但中国没有干预运作，自己不用向中国汇报任何信息，决定应聘人员程序也和中国没有关系，他只听从卡尔顿大学指示。
但听证会上国会议员加内特·吉努斯（Garnett Genius）问李征如果卡尔顿大学邀请达赖喇嘛来访，他是否会出席欢迎会呢？李征则说：“我的职位不适合回答这个问题，我对这个假设问题没有足够知识。”
吉努斯追问：“我不清楚你所说的知识是甚么意思？是你不知道这个有名的人物吗？你说孔子学院主旨是要促进交流和对话，那大学邀请达赖喇嘛来你会如何呢？” 李征只回应届时再说吧！
吉努斯随后又问1989年6月4日当年人在北京的李征，中国政府是否在天安门广场上杀害了多达2,500名抗议学生，政府是否行为错误，李征一开始又重申他是为卡尔顿大学工作，答非所问，但在吉努斯追问下，他只轻轻带过说：“我没有专业知识来证实这个事件，我人在北京，但没有朋友受害，那是一个不幸的事件。”
加拿大情报人员不仅曾警告中国政府利用孔子学院影响渗透加拿大，还提到中国透过与加拿大大学进行学术合作来窃取知识产权，以增强自己的科技和军事力量。
加拿大《环球邮报》点名其中与中国关系深厚的阿尔伯达大学，自2005年以来就和中国至少50个国家实验室合作90多个项目。很多项目涉及将加拿大研发的技术商业化，但主控权在中国，等于加拿大的资金丶人才和技术无形中可以被中国轻易取得。
渥太华大学教授史国良(Scott Simon)表示：“这是非常危险的，中方会说它们拥有60%的股权，加拿大只占40%，所以它们控制了一切，而我们谈论的是生化丶纳米丶人工智能等精密科技。大学资金主要由省府出资，所以我们需要各省政府拿出作为来监督。”
阿尔伯达省政府已经对该大学的动态表达关注，承认这损害国家利益，因此誓言将采取行动，限制阿尔伯达大学与中国进行一些具战略意义的科技合作。
今年3月，加拿大创新科技部长商鹏飞（François-PhilippeChampagne）宣布，渥太华要求大学制定新的风险指南，将国家安全因素纳入研究项目的评估和资助中。
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